Nació en Zurich, Suiza Estudió dibujo y profesorado de educacion fisica primero. La madre de Werner murió cuando él era aun un niño. A los quince años, siendo aun un adolescente quiere estudiar pintura pero su padre quiere que tenga un "oficio". Werner termina siendo un profesor de gimnasia pero al cabo de un año, Werner se revela y consigue ingresar en la Escuela de artes y oficios de Zurich. Allí encontrará para su aprendizaje a dos verdaderos maestros: Alfred Willimann que le enseña todo lo que se puede aprender sobre el dibujo del natural, sobre la pintura, las artes plásticas, el grafismo y Hans Findler de quien Bischof aprende todo lo que se puede aprender sobre el oficio de fotógrafo, las técnicas de enfoque, los procedimientos de reproducción, la compaginación, el arte del montaje etc.

Haciendo un tipo de fotografia donde primaba la estetica, se concentraba en la luz y las formas. Sus primeros trabajos lo muestran obsecionado por el orden y las simetrias naturales.Sus primeras investigaciones personales giran en torno a una gran tradicion germanica, la de los estudios de ciencias naturales hechos por los primeros filósofos del renacimiento, la de los trabajos de Goethe sobre el macrocosmos y el microcosmos. Fotografía las hojas de arce o de álamo, los juegos de la luz refractada o polarizada, las astas vegetales. el clavijero de su violín, las conchas de caracoles atravesadas por la luz, la ondulación del mercurio.

Su profesor de fotografía, Hans Finsler, cuenta que se consagraba, en su tiempo libre, a tareas aparentemente sin interés que un observador extraño hubiese juzgado infantiles, pero que formaron la base de sus trabajos ulteriores, estudiando materiales, la luz, sus constantes variaciones. Se le puede observar mientras lustra durante horas conchas de caracoles o conchas marinas con el fin de obtener la blancura transparente que necesita para una foto. Una vez fotógrafo Bischof, habrá partido al contrario de la estructura, del esqueleto de las cosas, para llegar a la vida concreta. Pero en la misma época, persiguiendo paralelamente su proyecto de pintor, acumula los bocetos y los dibujos a menudo llenos de movimiento y de ritmo.A su salida de Ia escuela, en 1936, se va a trabajar a Zurich, primero como fotógrafo independiente entre los períodos militares a los que le obliga el sistema de la conscripción suiza, luego trabaja durante un año para la gran revista Graphis. Pero el deseo de ser pintor no le ha abandonado, y durante el verano de 1939 marcha a París con el proyecto de instalarse en aquella ciudad y de pintar. La guerra estalla en septiembre y es llamado a filas, vuelve a Suiza. En esta epoca profundiza en la fotografia y se compromete mas con ella.

Trabajo para la revista de fotografia Du desde 1942. Cambiando radicalmente su forma de fotografiar. Empezo a ser mas rapido, comenzo a pensar en la fotografia como una expresion de sus propias inquietudes, tanto eticas como sociales. En 1945 apareció su reportaje Prófugos, sobre los italianos refugiados en Suiza, con el que Bischof tuvo ocasión de ofrecer una nueva imagen de sí mismo. Fue Kubler quien dió a Bischof la oportunidad de hacer un nuevo tipo de fotografía. Los acontecimientos bélicos y el peligro del fascismo introdujeron una conciencia política en el joven Bischof: descubrió que la cámara fotográfica podía utilizarse como medio de denuncia. El instrumento adquiría así su propia humanidad.

Al reportaje de 1945 sobre los refugiados en Suiza siguieron algunos viajes por la Alemania, Francia y la Holanda de la posguerra. Por encargo de "Schweizer Spender", una organización de socorro Suiza, Bischof realizó también algunos reportajes en Italia y en Grecia. En 1947 hizo un nuevo viaje por Austria, Hungria, Rumanía y Polonia. De esta forma, pudo conocer la Europa destruida por la guerra. Los temas ya no llevaban títulos como Haz de luz o Intersección de dos grupos de ondas de mercurio. En 1945 Bischof publicó una recopilación de veinticuatro fotografías, comentadas por el crítico de arte Manuel Gasser, que había sido un atento observador de la escena suiza."...Mucho ha cambiado para mi, pensaba ayer mientras visitaba una antigua y bellísima capilla. Es encantadora, pero ya no soy capaz de estar aquí luchando horas y horas con lámparas y trípodes por estas cosas "muertas". Estoy mucho más a gusto junto a la estación, observando el movimiento, el ir y venir...".Bischof dijo cuando vivia en Inglaterra y acababa de casarse. Fue en Inglaterra donde Bischof se estableció por primera vez de forma fija. Allí fue contratado como colaborador por el Picture Post y el Observer.

Fue el primer fotógrafo suizo que logró introducirse en el mundo del periodismo internacional. En este campo su primer trabajo fue el reportaje encargado por Life sobre las Olimpiadas de invierno de St. Moritz en 1948. Más tarde colaboró en revistas internacionales publicando, sucesivamente, en Paris-Match y Epoca, y en Life y Fortune. En 1949 Bischof formó parte de la Agencia Magnum, fundada en París en 1947 por Robert Capa, David Seymour, George Rodger y Henrí Cartier-Bresson. Realizó trabajos para la revista Life. No es casual que el título del primer gran trabajo colectivo de los fotógrafos de la Magnum fuera People are people (La gente es gente): era una temática que encajaba perfectamente en Bischof, cuyas concepciones artisticas se hablan transformado profundamente.Varios de los miembros de la Magnum murieron en el ejercicio de su profesión: Bischof en los Andes, Capa en Indochina, Seymour durante la crisis de Suez. La agencia quiso honrarlos con una exposición conmemorativa que tituló "The concerned Photographer'' , título que constituía todo un reconocimiento. Bischof y su mujer se fueron a vivir durante un año a Japón. Este país significó para él una "revelación fotográfica": paisajes y arquitectura, hambres y costumbres de vida se presentaban ante la cámara fotográfica como un conjunto perfectamente homogéneo, una realidad de rasgos bien definidos que encontró en Bischof un interprete extraordinario. Desde Japón, Bischof visitó Corea e Indochina, donde proseguían las destrucciones, horrores que se pensaba hablan acabado con la Segunda Guerra Mundial.

Allí tomo las imágenes de los prisioneros de guerra, las de la gente que vivía en las calles de Hong Kong, o la de un soldado francés en Indochina. Dejando el Japón por Usa, Mexico y América del Sur, la angustia y la melancolía se apoderan de él, sus fotografias son las que dominan las tierras Indias que no son ya de los indios. Sus fotos de los ultimos meses están coso veladas por un crespón de impalpable tristeza. Su mujer lo acompaña en estos viajes hasta Mexico de donde partira a Sudamerica, de donde nunca volvera ya que en 1954 fallece en un accidente en los andes Peruanos a los 38 años. Nacio en Zurich, Suiza